Para quem está a se iniciar no Linux, talvez uma boa distribuição para começar possa ser o Ubuntu - http://ubuntu-pt.org/. Trata-se de uma das distribuições mais orientadas ao utilizador final e consegue reunir uma série de caraterísticas e facilidades que outras não reúnem. Entretanto, é importante perceber que nem todas as distribuições são boas para todo o tipo de serviço. Por exemplo, para um servidor Web seria mais aconselhável o Debian ou o CentOS e o mesmo se diz para um servidor de virtualização.
Caso opte pelo Ubuntu, a instalação de programas é bastante óbvia, via interface gráfica, utilizando o instalador de software incorporado (aliás, uma caraterística comum à maioria das distribuições linux com interface gráfica de base).
Finalmente, relativamente à linha de comandos ou terminal, existe um recurso muito útil chamado man pages, que está disponível quer na própria distribuição linux, quer via web, em vários sites que as disponibilizam - http://linuxmanpages.com/.
Agora também dou o conselho do colega Gonçalo. O Google é uma excelente ferramenta e, para quem está a aprender a trabalhar com o Linux, sugiro muita pesquisa, pois sites em português e inglês é o que não faltam sobre Linux.
Mais alguns links:
Cumprimentos,
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Hélder Pestana